Seksi Tindak Pidana Khusus, mempunyai tugas melakukan pengendalian kegiatan penyelidikan, penyidikan, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, penuntutan, melaksanakan penetapan dan putusan pengadilan, pengawasan terhadap pelaksanaan keputusan lepas bersyarat dan tindakan hukum lainnya dalam perkara tindak pidana khusus di daerah hukum Kejaksaan Negeri yang bersangkutan.
Dalam melaksanakan tugas, seksi tindak pidana khusus menyelenggarakan fungsi:
- Penghimpunan laporan dari Kejaksaan Negeri, pengadministrasian, penelitihan dan pengolahan serta penyiapan laporan kepada pimpinan sesuai dengan bidang tugasnya.
- Perumusan kebijakan teknis dan administratif untuk kepentingan pemberian bimbingan, pengendalian supervisi kepada Eselon bawahan dalam menyelenggarakan operasi yustisi terhadap perkara tindak pidana khusus serta penyusunan statistik kriminal dan analisis kriminalitas.
- Perencanaan dan pelaksanaan kegiatan penyidikan penuntutan dan eksekusi terhadap tindak pidana khusus pengadministrasian dan pendokumentasian serta penyusunan statistik kriminaldan analisis kriminalitas yang bertalian dengan tindak pidana khusus.
- Penyiapan konsepsi bahan pertimbangan rencana pendapatan dan sarana untuk kepentingan penyusunan kebijaksanaan pimpinan mengenai pelaksanaan tugas Kejaksaan dalam melaksanakan operasi yustisi terhadap tindak pidana khusus.
- Pengamanan teknis atas pelaksanaan tugas sesuai dengan kebijaksanaan dan pengarahan dan pengarahan yang digariskan oleh Jaksa Agung atau kepada Kejaksaan Tinggi yang bersangkutan.